Nach der vom Dezember 1941 bis März 1942 grassierenden Flecktyphusepidemie wurde im „Schutzhaftlager“ (Häftlingslager) begonnen, die hygienischen Bedingungen etwas zu verbessern. Ein kleiner Waschraum in einer der Werkstattbaracken wurde erweitert und zu einem Bad mit Duschen für ca. 20 bis 25 Häftlinge umgebaut.
Vermutlich als eine Konsequenz aus der Epidemie wurde im Februar 1942 von der Amtsgruppe C im SS‑Wirtschafts-Verwaltungshauptamt (WVHA) der Neubau eines Barackenkomplexes im Südosten des „Schutzhaftlagers“ geplant, in dem neben dem Krematorium und dem Arrestbunker (Lagergefängnis) auch eine große Wäscherei mit einer Desinfektionsanlage vorgesehen war. Im März 1942 wurde dieser Entwurf auch in die umfassende Umgestaltung des südlichen „Schutzhaftlagers“ übernommen. Eine überarbeitete – vereinfachte – Planung vom Dezember 1942 sah einen veränderten Neubau vor. Südlich des Appellplatzes sollten alle Baracken durch ein ca. 175 m langes massives Gebäude ersetzt werden. Im Süden des Gebäudes hätten vier ca. 50 m lange Querflügel alle Bereiche wie beispielsweise die Effektenkammer, die Kleiderkammer, den Arrestbunker und das Krematorium aufgenommen. In einem dieser Flügel sollte eine Wäscherei mit einer Desinfektionsanlage untergebracht werden. Aber weder die Planung vom März, noch die vom Dezember 1942 wurden verwirklicht. Stattdessen wurden unabhängig von den großräumigen Planungen bereits Ende 1941/Anfang 1942 Neubauten errichtet, die einen Teil der Funktionen aufnahmen. Südlich des Arrestbunkers, am damaligen Rand des „Schutzhaftlagers“, wurde durch Häftlinge ein massives Gebäude aus Klinkern errichtet, das neben einer Entlausungsanlage auch das so genannte „Neue Bad“ aufnahm. Es war ca. 45 m × 9 m groß und 3 m hoch (Dachhöhe 4,25 m), weiß verputzt und verfügte über ein mit Teerpappe gedecktes Satteldach. Es wurde etwas versetzt direkt an die bereits seit 1940 bestehende Leichenkammer angebaut.
Im östlichen Teil der Baracke war eine Blausäure-Entlausungsanlage mit zwei Kammern eingebaut, in der Häftlingskleidung und Decken zunächst mit Zyklon B und später mit dem stärkeren Mittel „Lauseto“ desinfiziert werden konnten.
Es ist nicht bekannt, ob dort Heißluftkammern oder industrielle Autoklaven (Druckkammern) installiert waren. Der Entlausungsablauf war jedoch entsprechend dem damaligen Stand der Technik organisiert. Die Entlausungskammern bildeten eine Art Schleuse. Sowohl an der südlichen Außenseite als auch im Inneren der Baracke verfügten die Kammern über gasdichte Türen. Die Kammern wurden von außen mit den infizierten Kleidungsstücken beschickt, die nach der Begasung im Inneren entnommen wurden. So wurden im Inneren nur desinfizierte Kleidungstücke gelagert bzw. wieder ausgegeben.
Im westlichen Teil der Baracke wurde im ersten Halbjahr 1943 ein neues, größeres Bad eingerichtet. Eine eigene Heizungsanlage versorgte das Bad und das daneben stehende Krankenrevier I mit warmem Wasser. Im Gegensatz zum alten Bad verfügte das neue über mehr Duschen und war besser ausgestattet, unter anderem mit zwei Umkleidekabinen. Doch es erwies sich schon bei seiner Inbetriebnahme als zu klein. Zudem mangelte es Ende 1944 zeitweise, ab 1945 ganz an Heizmaterial, sodass nur noch mit kaltem Wasser geduscht werden konnte.
Am 2. Mai 1945 wurde das von der SS geräumte Konzentrationslager Neuengamme von der britischen Armee übernommen. Nachdem die britische Militärverwaltung das Gelände kurzzeitig als Lager für Displaced Persons (DP‑Camp) und als Lager für deutsche Kriegsgefangene genutzt hatte, wurde im November 1945 ein ziviles Internierungslager, das „Civil Internment Camp No. 6“ (CIC 6), eingerichtet. Der gesamte südliche Bereich des KZ wurde dazu in sieben eigenständige Lager unterteilt. Das ehemalige Häftlingsbad wurde in dem als Lager II bezeichneten Teil des CIC 6, dem ehemaligen „Schutzhaftlager“, weitergenutzt, die weitere Nutzung der Entlausungsanlage ist nicht bekannt.
Am 6. September 1948 wurde das Gelände an die Hamburger Gefängnisbehörde übergeben, die es als „Männergefängnis Neuengamme“ weiternutzte. Das ehemalige Bad wurde zunächst als Bad für die Gefangenen weitergenutzt. Es wurde vermutlich Anfang der 1950er-Jahre abgerissen.