In dem Vertragswerk über die Zusammenarbeit bei der Klinkerproduktion zwischen dem Deutschen Reich, dem SS‑Unternehmen Deutsche Erd- und Steinwerke GmbH (DESt) und der Hansestadt Hamburg vom April/Mai 1940 wurde auch die Erschließung des Klinkerwerks durch die Stadt geregelt. Von großer Bedeutung war hierbei die Schaffung eines kostengünstigen Transportweges. Neben der Anbindung des Klinkerwerks an das Schienennetz der Bergedorf-Geesthachter Eisenbahn AG (BGE) sollte dies durch die Errichtung eines Hafenbeckens am neuen Klinkerwerk und die Schiffbarmachung der Dove Elbe erreicht werden. Da die Baumaßnahme als sehr kostspielig eingeschätzt wurde, wurde bei den Verhandlungen kurzfristig andere Varianten, wie zum Beispiel die Errichtung einer Seilbahn, erwogen.
Unter der Leitung der städtischen Bauverwaltung wurde ab Juli 1940 von bis zu 1000 Häftlingen begonnen, die Dove Elbe zu regulieren und schiffbar zu machen.
Der unterschiedlich breite tote Elbarm wurde dazu auf einer Länge von ca. 6 km auf 28,00 m verbreitert und um bis zu 2 m vertieft. Die Häftlinge mussten dabei den Großteil des Geländes in Handarbeit ausschachten. Nur in wenigen Fällen wurde mit Schwimmbaggern, die den Schlick des Elbarms ausgebaggerten, moderne Technik eingesetzt. Der Anteil solcher von Fremdfirmen geleisteten Arbeiten erhöhte sich aber im Laufe des Baus, da der Wasserpegel höher war als angenommen und das Klinkerwerk weiter südlich errichtet wurde, als ursprünglich geplant war.
Die Häftlinge erhöhten mit dem in Schubkarren abtransportierten Aushub unter anderem das Deichvorland. Durch den Ausbau der Dove Elbe musste zusätzlich eine neue Brückenquerung für den Neuengammer Hausdeich errichtet werden. Die Arbeiten an der Regulierung der Dove Elbe waren Ende 1941 abgeschlossen.
Vollständig neu wurden ein 550 m langer Stichkanal von der Dove Elbe zum neuen Klinkerwerk und dort ein Hafenbecken angelegt. Auch bei diesen Baumaßnahmen mussten Häftlinge den größten Teil der Ausschachtungsarbeiten von Hand verrichten. Nach Fertigstellung des Stichkanals wurden auf halber Strecke zwischen Dove Elbe und dem Hafenbecken am Klinkerwerk zwei massive Pfeiler und ein „Hafentor“ errichtet.
1942 war nach längeren Verhandlungen die ursprünglich getroffene Vereinbarung geändert worden und die DESt hatte den Bau des Stichkanals und des Hafenbeckens übernommen. Die Hansestadt Hamburg übernahm hierfür die Kosten in Höhe von 116 500 Reichsmark.
Beim Bau des ca. 36 m × 50 m großen Hafenbeckens am neuen Klinkerwerk wurden zu Anfang Metallspundwände in den Abmessungen des zukünftigen Hafenbeckens in den Boden gerammt. Die Spundwände wurden durch eine Stahlbetonkonstruktion verbunden und ausgesteift und mit Stahlankern gegen den entstehenden Erddruck abgespannt. In dem so gesicherten Bereich wurde anschließend das Erdreich ausgehoben. Der Bau des Stichkanals und eines ersten Abschnitts der Kaimauern dauerte bis 1943. Die Arbeiten wurden aber noch bis zum Kriegsende fortgesetzt.
Um das Hafenbecken wurde ein ca. 2 m breiter Betonplattenweg angelegt.
Am 2. Mai 1945 wurde das von der SS geräumte Konzentrationslager Neuengamme von der britischen Armee übernommen. Nachdem die britische Militärverwaltung das Gelände kurzzeitig als Lager für Displaced Persons (DP‑Camp) und als Lager für deutsche Kriegsgefangene genutzt hatte, wurde ab November 1945 ein ziviles Internierungslager, das „Civil Internment Camp No. 6“ (CIC 6), eingerichtet. Über die Nutzung des Hafenbeckens in dieser Zeit ist nichts bekannt.
Am 6. September 1948 wurde das Gelände an die Hamburger Gefängnisbehörde übergeben, die es als „Männergefängnis Neuengamme“ weiternutzte. Das Hafenbecken wurde durch die verschiedenen Mieter des ehemaligen Klinkerwerks genutzt.